Wyrokiem z 1.07.2022 r., sygn. I FSK 1006/18, NSA oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego i utrzymał w mocy niezwykle ważny i słuszny wyrok WSA w Olsztynie z 7.03.2018 r., sygn. I SA/Ol 17/18, odnoszący się do zasad opodatkowania VAT małżonków prowadzących wspólne gospodarstwo rolne. Tezy tych wyroków znajdują zastosowanie również do gospodarstw rolnych prowadzonych przez współwłaścicieli lub wspólników, niepozostających ze sobą w związku małżeńskim.

W sprawie rozpoznawanej przez sąd skarżąca zarejestrowała się jako podatnik VAT czynny, deklarując chęć rozliczania VAT na zasadach ogólnych 8 lat po tym, jak małżonek skarżącej zrezygnował ze zwolnienia z VAT jako rolnik ryczałtowy i rozpoczął rozliczanie VAT na zasadach ogólnych. Oboje małżonkowie prowadzili więc faktycznie odrębne działalności gospodarcze w ramach jednego gospodarstwa rolnego. Organy podatkowe taki stan rzeczy zakwestionowały, a dopiero po kilku latach od rejestracji na VAT skarżącej, przyjmując wcześniej od niej deklaracje VAT, realizując zwroty VAT i nie wykazując nieprawidłowości podczas czynności sprawdzających, rozpoczęły kontrolę i zakwestionowały status podmiotowy na gruncie VAT skarżącej.

Zdaniem NSA, należy negować praktykę, w której organ podatkowy przyjmuje zgłoszenie rejestracyjne od podmiotu, który ex lege podatnikiem nie jest (przynajmniej takie są krajowe przepisy na dzień dzisiejszy), przyjmując przez lata od niego deklaracje podatkowe, rozliczając saldo na rachunku z urzędem, dokonując zwrotów podatku, prowadząc czynności sprawdzające, by po latach zakwestionować mu prawo do odliczenia VAT naliczonego oraz potraktować jego faktury jako puste w rozumieniu art. 108 ustawy o VAT.

Takie działanie jest sprzeczne z zasadą zaufania wyrażoną w art. 121 Ordynacji podatkowej. W ocenie NSA, nie można bagatelizować, że z wyroku TSUE z 24.3.2022 r. w sprawie C-697/20, jednoznacznie wynika, że art. 9, 295 i 296 dyrektywy 112 należy interpretować w ten sposób, że stoją one na przeszkodzie praktyce państwa członkowskiego, która wyklucza możliwość uznania małżonków prowadzących działalność rolniczą w ramach jednego gospodarstwa przy wykorzystaniu majątku objętego małżeńską wspólnością majątkową za odrębnych podatników VAT, w przypadku gdy każde z tych małżonków prowadzi działalność gospodarczą w sposób samodzielny. Z taką sytuacją mieliśmy do czynienia w tej sprawie, co tym bardziej czyni niezasadnym zarzut wystawiania pustych faktur, skoro dokumentowały one faktyczną sprzedaż płodów rolnych (pieczarek).

Wyrok jest prawomocny i będzie miał istotne znaczenie dla praktyki krajowej.